Kolesteatoma ve Timpanosklerotik Plak Oluşumunda Bakterilerin Rolü: DNA Dizi Analizine Dayalı Moleküler Araştırma

Abstract

Amaç: Kronik otitis media, milyonlarca insanı etkiler ve kolesteatom veya timpanikleroz gibi ek patolojilere neden olabilir. Bu tür hastalıkların patofizyolojisi tamamen bilinmemektedir. Bu çalışmanın amacı 16s rRNA sekansı analizi ile kolesteatom ve timpanosiklerotik plaklardaki tüm bakteriyel patojenleri tespit etmektir. Gereç ve Yöntem: Çalışmamızda kronik otitis media nedeniyle operasyon geçiren hastalardan elde edilen 102 örnek (65 timpanosklerotik plak, 37 kolesteatoma) incelenmiştir. DNA ekstraksiyonu yapılan tüm örneklerde 16S rRNA gen bölgesine özgü olarak tasarlanan primerler ile PCR amplifikasyonu yapıldı. 16S rRNA PCR pozitif örnekler Sanger yöntemi ile sekanslandı. Seçilen 46 örnek, İon 16S ™ Metagenomik kiti kullanılarak yeni nesil sekanslama (YNS) yöntemi ile analiz edildi. Sonuç: Sanger dizilemesiyle 102 numunenin 18'inde (%17.6) spesifik bir tür veya cins tanımlanmıştır. Bu 18 örnekten 12'si timpanosklerotik plak, 6'sı ise kolesteatomdu. Tanımlanan bakteriler Alloicoccus otitis, Staphylococcus aureus, S.auricularis, Alcaligenes sp., Stenotrophomonas maltophilia, S.epidermidis, Achromobacter xylosoxidans, Escherichia coli, S. sciuri, S. caprae, Parvimonas sp., Bacillus sp.’dir. YNS yöntemiyle 46 test numunesinin 44'ünde (% 95.7) iki veya daha fazla farklı bakteri buldu. YNS ağırlıklı olarak Staphylococcaceae (18 örnek), Corynebacteriaceae (15 örnek, Turicella otitidis'e sahip 6 örnek), Clostridiales Family XI'i, Incertae Sedis (7 samples), Alloicoccus otitis (4 örnek) ve Propionibacteriaceae (4 numune) tespit etmiştir. Tartışma: Orta kulakta önceden bilinenin aksine çeşitli mikrobiyal topluluklar flora oluşturmaktadır. Moleküler biyolojik çalışmaların kullanımı, bu bakterilerin tanımlanması daha kolay hale getirmiş ve kronik inflamatuvar kulak hastalıklarının patogenezinde mastoid ve orta kulak mikrobiyotasının rolünü anlamamızı kolaylaştırarak tedaviye yön vermemizde önemli hale gelmiştir.