Transkriptom verilerinin protein-protein etkileşim ağlarına haritalanması ile inflamatuar bağırsak hastalıklarına özgü alt ağların belirlenmesi ve ilaç yeniden konumlandırma

dc.contributor.advisorAcuner, Saliha Ece
dc.contributor.authorMaden, Şefika Feyza
dc.date.accessioned2023-03-02T07:48:42Z
dc.date.available2023-03-02T07:48:42Z
dc.date.issued2023
dc.departmentİMÜ, Enstitüler, Lisansüstü Eğitim Enstitüsü, Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
dc.description.abstractÜlseratif kolit (UC) ve Crohn hastalığı (CD) inflamatuar bağırsak hastalığının (IBD) iki farklı alt tipidir. Bu iki bozukluk için tanı ve tedavide belirsizlikler yaşanmaktadır, bu nedenle ağ düzeyinde moleküler imzalarını ortaya çıkarmak önemlidir. Bu amaçla, GSE126124 ve GSE3365 verisetlerinden elde edilen transkriptom verilerini protein-protein etkileşim (PPE) ağlarına haritalayarak ülseratif kolit ve Crohn hastalığına özgü alt ağlar belirlendi ve biyolojik önemi analiz edildi. UC alt-ağ modülü Alzheimer hastalığı, kolorektal kanser ve prostat kanseri gibi daha çok hastalık temelli fonksiyonel özellikleri ortaya çıkarırken, CD alt-ağ modülü ise sitokin üretimi, interlökin-1 (IL-1) reseptör aktivitesi, NF-kappa B (NF-?B) sinyal yolu gibi fonksiyonel özellikleri ortaya çıkardı. Ayrıca UC ve CD için elde edilen yeni modüllerdeki genlere ilaç yeniden konumlandırma ve moleküler kenetlenme çalışmaları yapıldı. Sonuçların yapısal analizi gerçekleştirilerek UC ve CD'nin tedavisinde etkili olabilecek yeni törapötikler önerilmiştir; UC için paclitaxel, CD için flucloxacillin. Genel olarak, bu bulgular moleküler düzeyde IBD alt tipleri arasındaki farklılıkları ortaya koyar, UC ve CD tanısını kolaylaştırabilir ve ayrıca hastalık alt tiplerine özgü potansiyel moleküler hedefler sağlayabilir.
dc.description.abstractUlcerative colitis (UC) and Crohn's disease (CD) are two different subtypes of inflammatory bowel disease (IBD). There are uncertainties in diagnosis and treatment for these two disorders, so it is important to uncover their molecular signatures at the network level. For this purpose, subnetworks specific to ulcerative colitis and Crohn's disease were determined by mapping the transcriptome data obtained from the GSE126124 and GSE3365 datasets to protein-protein interaction (PPE) networks, and their biological significance was analyzed. The UC subnet module reveals more disease-based functional features such as Alzheimer's disease, colorectal cancer, and prostate cancer, while the CD subnetwork module reveals cytokine production, interleukin-1 (IL-1) receptor activity, NF-kappa B (NF- ?B) revealed functional features such as the signaling pathway. In addition, drug repositioning and molecular docking studies were performed to the genes in UC- and CD-specific modules. Structural analysis of the results has been performed and new therapeutics have been proposed that may be effective in the treatment of UC and CD; Paclitaxel for UC, flucloxacillin for CD. Overall, these findings reveal differences between IBD subtypes at the molecular level, may facilitate the diagnosis of UC and CD, and also provide potential molecular targets specific to disease subtypes.
dc.identifier.endpage87
dc.identifier.startpage1
dc.identifier.urihttps://hdl.handle.net/20.500.14730/647
dc.identifier.urihttps://tez.yok.gov.tr/UlusalTezMerkezi/TezGoster?key=r4I1HnmXxFQovUpyAyUmxPdmDZn6PXAeLrPg3ee4en-sTJr31-Aesu6RBxFkQQac
dc.identifier.yoktezid786352
dc.institutionauthorMaden, Şefika Feyza
dc.language.isotr
dc.publisherİstanbul Medeniyet Üniversitesi
dc.relation.publicationcategoryTez
dc.rightsinfo:eu-repo/semantics/openAccess
dc.snmzKA_TEZ_20250302
dc.subjectÜlseratif kolit
dc.subjectCrohn hastalığı
dc.subjectprotein-protein etkileşim ağı
dc.subjecttranskriptomik analiz
dc.subjectalt ağ analizi
dc.subjectmoleküler kenetlenme
dc.subjectilaç keşfi
dc.subjectUlcerative colitis
dc.subjectCrohn's disease
dc.subjectprotein-protein interaction network
dc.subjecttranscriptomics analysis
dc.subjectsubnetwork analysis
dc.subjectmolecular docking
dc.subjectdrug discovery
dc.titleTranskriptom verilerinin protein-protein etkileşim ağlarına haritalanması ile inflamatuar bağırsak hastalıklarına özgü alt ağların belirlenmesi ve ilaç yeniden konumlandırma
dc.title.alternativeIdentification of inflammatory bowel disease-specific subnetworks and drug repositioning by mapping transcriptome data to protein-protein interaction networks
dc.typeMaster Thesis

Dosyalar

Orijinal paket

Listeleniyor 1 - 1 / 1
Yükleniyor...
Küçük Resim
İsim:
BYM_Feyza_Maden_Ocak_2023.pdf
Boyut:
3.02 MB
Biçim:
Adobe Portable Document Format
Açıklama:

Lisans paketi

Listeleniyor 1 - 1 / 1
Yükleniyor...
Küçük Resim
İsim:
license.txt
Boyut:
1.71 KB
Biçim:
Item-specific license agreed upon to submission
Açıklama: